ภาควิชาสรีรวิทยาก่อตั้งขึ้นในคณะแพทยศาสตร์เมื่อปี พ.ศ. 2528 เริ่มเปิดสอนนิสิตแพทย์ชั้นปีที่สองรุ่นแรกจำนวน 40 คน ในภาคการศึกษาที่ 2 ปีการศึกษา 2529 ในขณะที่มีอาจารย์ประจำ 2 คน และรักษาการหัวหน้าภาควิชาฯ ที่มาช่วยราชการเป็นการชั่วคราว โดยภาควิชาสรีรวิทยารับผิดชอบการเรียนการสอนวิชาสรีรวิทยาการแพทย์ การจัดการเรียนการสอนในปีแรกนั้นได้เชิญอาจารย์พิเศษจากวิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้ามาร่วมสอน เมื่อมีอาจารย์ประจำจำนวนเพิ่มขึ้นจึงได้ลดจำนวนอาจารย์พิเศษลง อย่างไรก็ตามในปัจจุบันภาควิชาฯ ยังคงเชิญอาจารย์พิเศษจากศูนย์การแพทย์สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯสยามบรมราชกุมารี และศูนย์การแพทย์ปัญญานันทภิกขุ ชลประทาน สำหรับการบรรยายที่มีการบูรณาการทางคลินิก