ภาควิชาจุลชีววิทยารับผิดชอบการเรียนการสอนรายวิชาจุลชีววิทยาการแพทย์ ปรสิตวิทยาการแพทย์ และอิมมูโนวิทยา ให้แก่นิสิตแพทย์ในระดับชั้นพรีคลินิก ระยะแรกมีสถานที่ทำการอยู่ที่ภาควิชาจุลชีววิทยา คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล โดยมี รศ.ดร.ขจร เจริญศิริ ดำรงตำแหน่งรักษาการหัวหน้าภาควิชาจุลชีววิทยา จนกระทั่งปี พ.ศ. 2538 ภาควิชาฯ ได้ย้ายที่ทำการมาอยู่ที่ ชั้น 9 และ 10 อาคารเรียนรวมพรีคลินิกและวิทยาศาสตร์ (อาคาร 15) มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ซึ่งเป็นที่ตั้งของภาควิชาฯ ในปัจจุบัน