ภาควิชากายวิภาคศาสตร์จัดตั้งขึ้นเมื่อปีพุทธศักราช 2528 พร้อมกับคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ เพื่อรับผิดชอบการสอนระดับพรีคลินิก ในรายวิชากายวิภาคศาสตร์ ช่วงแรกภาควิชาฯ ตั้งอยู่ ณ อาคารกายวิภาคศาสตร์ หรือ “ตึกกรอส” ซึ่งเป็นอาคาร 2 ชั้น ริมคลองแสนแสบ ภาควิชาฯ ได้เปิดสอนวิชาทางกายวิภาคศาสตร์ 4 รายวิชา ได้แก่ มหกายวิภาคศาสตร์ จุลกายวิภาคศาสตร์ คัพภะวิทยา และประสาทกายวิภาคศาสตร์ ซึ่งมีการเรียนการสอนทั้งภาคบรรยายและภาคปฏิบัติการ ต่อมามีการสร้างอาคารกายวิภาคศาสตร์หลังใหม่เป็นอาคาร 7 ชั้นในปี พ.ศ. 2540 เมื่ออาคารก่อสร้างเสร็จเป็นที่เรียบร้อย ภาควิชาฯ จึงได้ย้ายมาจัดการเรียนการสอนที่อาคารกายวิภาคศาสตร์หลังใหม่นี้