ภาควิชาชีวเคมีก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2528 พร้อมกับคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ เพื่อรองรับการเรียนการสอนระดับพรีคลินิกของวิชาชีวเคมี ในระยะแรกของการจัดตั้ง สถานที่ทำการของภาควิชาชีวเคมี ตั้งอยู่ ณ ตึก B ชั้น 3 ภาควิชาชีวเคมี คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล โดยมีศาสตราจารย์ ดร.วิชัย บุญแสง ทำหน้าที่รักษาการหัวหน้าภาควิชาชีวเคมี จนถึงปี พ.ศ. 2536 เมื่ออาคารเรียนรวมพรีคลินิกและวิทยาศาสตร์ (ตึก 15) มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒเสร็จ จึงย้ายที่ทำการมาอยู่ ณ ชั้น 6 ตึก 15 อันเป็นสถานที่ตั้งของภาควิชาชีวเคมีจนถึงปัจจุบัน